عند استخدام الببتيدات، غالبًا ما نواجه مؤشرات نقاء الببتيد ومحتوى الببتيد. قد يتساءل الكثير من الناس عن سبب نقاء الببتيد بنسبة 95% ولكن محتوى الببتيد يبلغ 80% فقط. وذلك لأن هذين مفهومين مختلفين تماما.
نقاء الببتيد: تشير نقاء الببتيد إلى كمية الببتيد المستهدف المكتشف عند 214 نانومتر (214 نانومتر هو الطول الموجي الامتصاصي لسلسلة الببتيد) باستخدام تحليل HPLC.
محتوى الببتيد: يشير هذا إلى النسبة المئوية للببتيدات مقارنة بالمواد غير الببتيدية-في العينة.
تشير نقاء الببتيد إلى محتوى الببتيد المستهدف الذي اكتشفه HPLC عند 214 نانومتر (214 نانومتر هو الطول الموجي للامتصاص لسلسلة الببتيد). إلى جانب الببتيد المستهدف، يمكن لـ HPLC اكتشاف الشوائب بما في ذلك: التسلسلات المحذوفة (التسلسلات المستهدفة التي تفتقد واحدًا أو أكثر من بقايا الأحماض الأمينية)، والتسلسلات المقطوعة (التسلسلات التي تم إنشاؤها أثناء الحماية)، والتسلسلات غير المحمية بشكل كامل (مما يؤدي إلى عملية التوليف أو عملية الانقسام النهائية). ومع ذلك، لا يستطيع HPLC اكتشاف الماء والأملاح المتبقية مثل ثلاثي فلورو أسيتات (TFA) والأسيتات. أثناء تخليق الببتيد، يتم فصل تسلسل الببتيد من الراتينج باستخدام TFA، ويتم أيضًا إنشاء كمية صغيرة من TFA أثناء التنقية. ولذلك، فإن النهاية الأمينية الحرة والسلاسل الجانبية الأخرى من الببتيد، مثل Arg وLys وHis، يمكن أن تولد كميات صغيرة من شوائب TFA. قضية أخرى هي الرطوبة. عادة ما يتم تجفيف الببتيدات باستخدام التجفيد، ولكن على الرغم من ذلك، سيتواجد الماء بدرجات متفاوتة اعتمادًا على قدرة الارتباط التساهمي. لذلك، تحتوي الببتيدات المسلمة عادةً على أملاح TFA وكميات ضئيلة من الماء، والتي لا يمكن اكتشافها بواسطة HPLC، مما يؤدي إلى اختلافات في محتوى الببتيد والنقاء.
